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Após a assinatura do Tratado de Madri, em 1750, Portugal, preocupado em assegurar a posse do território que lhe cabia segundo o Tratado de Tordesilhas e dessa forma garantir a fronteira do Brasil, ordenou a Luis Albuquerque de Melo Pereira e Caceres, quinto governador da capitania de Mato Grosso, que fosse construído um forte na margem direita do rio Guaporé, hoje Guajará-Mirim, fronteira com a Bolívia, em plena floresta amazônica. O nome Real Forte do Príncipe da Beira ou simplesmente Forte do Príncipe da Beira, como é mais conhecido, originou-se de uma homenagem ao príncipe herdeiro da Coroa Portuguesa, d. José de Bragança, que tinha o título de Príncipe da Beira, título que manteve até a morte de sua mãe, Maria I de Portugal, quando então ascendeu ao trono com o título de Príncipe do Brasil.
O forte foi assentado sobre a Serra dos Parecis, paralela ao rio Guaporé. O grandioso projeto de Domingos Sambocetti previa uma fortificação em plano quadrangular, amuralhado em pedra de cantaria com majestoso portão na frente norte e com baluartes nos ângulos consagrados à Nossa Senhora da Conceição, Santa Bárbara, a Santo Antonio de Pádua e São José Avelino, seguindo as normas da arquitetura militar da época, inspirado no sistema elaborado por Vauban, arquiteto militar francês. Sobre o terrapleno, há quatorze grandes edifícios de pedra lavada ou pedra canga e argamassa, que abrigavam os quartéis da guarnição, o hospital, a capela, os armazéns, a casa do governador, a cisterna, o paiol subterrâneo. A obra terminou em 1783.
Depois de consolidada a presença portuguesa na região, o forte perdeu um pouco da sua função estratégica, mas continuou como testemunho de uma época e uma sentinela naquela parte do Brasil. Com o abandono progressivo, a vegetação tomou conta de suas dependências, ameaçando a integridade da edificação. Já no século XX, em 6 de julho de 1913, o forte foi visitado pelo almirante José Carlos de Carvalho e outras autoridades, que lavraram ata de sua visita, tendo deliberado que o monumento histórico ficaria sob a guarda do estado de Mato Grosso até que o Governo Federal resolvesse sobre sua administração definitiva, determinando também a remoção de peças de artilharia e outros objetos ali ainda existentes para o Museu Nacional do Rio de Janeiro.
Em 1914, o marechal Cândido Mariano da Silva Rondon (1865-1958) também visitou o forte e ordenou a limpeza da mata que invadia suas dependências. Porém, só em 1930, uma nova expedição do exército brasileiro voltou a marcar presença no local. Finalmente, em 1950, o forte foi tombado pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional – IPHAN.